Иммунные исследования
Открытый доступ

Абстрактный

Навигация по данным иммунных эпитопов, связанных с диабетом: ресурсы и инструменты, предоставленные Базой данных иммунных эпитопов (IEDB)

Керри Вон, Бьорн Петерс, Роберто Маллоне, Матиас фон Херрат, Барт О. Роеп и Алессандро Сетте

Предыстория:
База данных иммунных эпитопов (IEDB), изначально ориентированная на инфекционные заболевания, недавно была расширена до аллергии, трансплантации и аутоиммунных заболеваний. Здесь мы фокусируемся на диабете, выбранном в качестве прототипа аутоиммунного заболевания. Мы используем комбинированный формат руководства и метаанализа, который демонстрирует, как можно ответить на общие вопросы, связанные с эпитопами диабета.
Результаты:
в IEDB собрано в общей сложности 409 ссылок, описывающих >2500 эпитопов из антигенов, ассоциированных с диабетом. Подавляющее большинство данных было получено из GAD, инсулина, IA-2/PTPRN, IGRP, ZnT8, HSP и ICA-1, а эксперименты, связанные с эпитопами Т-клеток и связыванием MHC, намного превосходят анализы В-клеток. Мы иллюстрируем, как искать по определенным антигенам, эпитопам или хозяину. Другие примеры включают поиск тетрамеров или эпитопов, ограниченных определенными аллелями или интересующими анализами, или поиск на основе клинического статуса хозяина.
Выводы:
Инвентаризация всех опубликованных данных по эпитопам диабета облегчает доступ к ним для научного сообщества. В то время как глобальный сбор первичных данных из литературы отражает потенциальные исследовательские предубеждения, присутствующие в литературе, гибкий подход к поиску позволяет пользователям выполнять запросы, адаптированные к их предпочтениям, включая или исключая данные по мере необходимости. Более того, анализ выявляет пробелы в знаниях и определяет области для будущих исследований.