Химиотерапия: открытый доступ
Открытый доступ

Абстрактный

Анализ панраковых заболеваний идентифицирует SEC11A как иммунологический и прогностический биомаркер.

Цинцин Ву, Чэндун Лю, Гуанчжао Хуан, Синьян Лу, Сяочжи Лв, Тингру Шао

Цель: Ограниченные данные свидетельствуют о важной роли SEC11A в канцерогенезе. Мы провели комплексный анализ молекулярных и биологических инноваций SEC11A в отношении панрака на основе мультиомных данных.

Материалы и методы: Экспрессия SEC11A была проанализирована в 33 типах опухолевых и нормальных образцов с использованием профилей транскриптомы из проекта The Cancer Genome Atlas-Genotype-Tissue Expression (TCGA-GTEx) и протромических данных из проекта Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium (CPTAC). Изменения количества копий и метилирования SEC11A были исследованы по всем видам методов с помощью cBioPortal. Клиническая оригинальность и прогностические последствия SEC11A были оценены в когортах Атласа генома рака (TCGA). Анализ обогащения набора генов (GSEA) SEC11A проводился в плоскоклеточном раке головы и шеи (HNSCC) с помощью пакетного кластерного профилировщика. Корреляция SEC11A с инфильтрацией иммунных клеток была оценена с помощью алгоритма оценки пропорций иммунных и раковых клеток (EPIC), Ресурс оценки иммунного ответа опухоли (TIMER), xCELL, Счетчик популяций микроокружения клеток (MCP-счетчик), quanTIseq, Идентификация типа клетки по соотношению относительных подмножество транскриптов РНК (CIBERSORT) и идентификатор количества иммунных клеток (ИммуСеллАИ). Значения ингибирующих систем (IC ₅₀ ) противораковых агентов были взяты из проекта «Геномика лекарственной чувствительности при раке» (GDSC), и их сопоставление с SEC11A было рассчитано.

Результаты: Мы обнаружили, что экспрессия SEC11A была повышена в большинстве типов рака (24/33), в то время как она снижалась в 3 типах рака. Генетическая амплификация в SEC11A была широко распространена среди всех видов рака. Были отрицательные результаты экспрессии рибонуклеиновой кислоты (РНК) SEC11A с уровнем метилирования. Повышение регуляции SEC11A было указано на снижение прогноза при адренокортикальной карциноме и плоскоклеточном раке головы и шеи. Более того, SEC11A был тесно связан с клеточным циклом, регуляцией TP53 и процессингом антигена. SEC11A был положительно связан с макрофагами и фибробластами, ассоциированными с опухолью, но отрицательно связан с Т-клеткой CD8 ⁺ . Экспрессия SEC11A положительно коррелировала с лекарственной устойчивостью к противораковым препаратам.

Заключение: Эти результаты предполагают, что SEC11A может применяться в качестве прогностического биомаркера в отношении панрака. Повышение регуляции SEC11A было связано с иммуносупрессивным статусом опухоли. Для получения наших результатов мы предлагаем ценный ресурс, который может управлять механическим и психологическим анализом SEC11A в соответствующем методе.