Журнал противовирусных и антиретровирусных препаратов
Открытый доступ

Абстрактный

Полиморфизмы генов обратной транскриптазы и протеазы ВИЧ-1 подтипа C у группы пациентов из Мумбаи

Ритвик Дахаке, Шраддха Мехта, Снеха Ядав, Абхай Чоудхари и Ранджана А Дешмукх

Цели: Развитые страны встревожены показателями первичной/передающейся лекарственной устойчивости ВИЧ-1. Ведутся дебаты о валидности определенных полиморфизмов в мутациях ВИЧ-1 подтипа C, связанных с консенсусными последовательностями подтипа B, которые ассоциируются с первичной устойчивостью и иногда ошибочно принимаются за нее. В этом предварительном исследовании мы определили полиморфизмы в генах обратной транскриптазы (RT) и протеазы (PR) ВИЧ-1 подтипа C у когорты пациентов в Мумбаи, Индия.

Методы: Исследование проводилось с образцами плазмы двадцати четырех пациентов (как получавших антиретровирусную терапию, так и не получавших ее ранее) с использованием «домашнего» полувложенного метода обратной транскриптазы-ПЦР с последующим секвенированием и анализом последовательности. Для анализа и интерпретации полиморфизмов и других мутаций лекарственной устойчивости использовалась Стэнфордская база данных устойчивости к препаратам ВИЧ. Мы также проанализировали мутации устойчивости к препаратам наблюдения (SDRM) для гена PR .

Результаты: Полиморфизмы были определены с частотой мутаций 0,1337 ± 0,042 в гене PR и 0,067 ± 0,014 в гене RT, в то время как 16,6% и 12,5% образцов содержали мутации лекарственной устойчивости в генах PR и RT соответственно. Замены более 50% были в позициях L19, V82, M36, R41, L63, H69, L89 и I93 для гена PR и D121, K122, T165, K166, K173, D177, T200, Q207 и R211 для гена RT. Кроме того, SDRM гена PR наблюдались в 15,0% образцов.

Выводы: Наши выводы совпадают с предыдущими выводами о том, что полиморфизмы в ВИЧ-1 подтипа C из Индии существуют, и повторяют, что эти полиморфизмы могут также включать ряд основных и второстепенных/дополнительных мутаций, связанных с резистентностью. Большинство баз данных по лекарственной резистентности, доступных в Интернете, основаны на подтипе B; поэтому мы рекомендуем создать базы данных по лекарственной резистентности, специфичные для подтипа ВИЧ, чтобы обеспечить рутинное и однозначное наблюдение за лекарственной резистентностью до начала антиретровирусной терапии, особенно при включении ингибиторов протеазы.