Иммунные исследования
Открытый доступ

Абстрактный

PREDTAP: система прогнозирования связывания пептида с человеческим транспортером, связанным с процессингом антигена

Гуан Лань Чжан, Николай Петровский, Чи Кеонг Кво, Джей Томас Август и Владимир Брусич

Предыстория: Транспортер, связанный с процессингом антигена (TAP), является критическим компонентом процесса обработки и презентации антигена главного комплекса гистосовместимости (MHC) класса I. TAP переносит антигенные пептиды в эндоплазматический ретикулум, где он загружает их в связывающую бороздку молекул MHC класса I. Поскольку пептиды должны сначала транспортироваться TAP, чтобы быть представленными на MHC класса I, предпочтения связывания TAP должны существенно влиять на выбор эпитопа Т-клеток. Описание: PREDTAP — это вычислительная система, которая предсказывает связывание пептида с человеческим TAP. Она использует искусственные нейронные сети и скрытые модели Маркова в качестве предсказательных механизмов. Было проведено обширное тестирование для проверки моделей прогнозирования. Результаты показали, что PREDTAP был как чувствительным, так и специфичным и имел хорошую предсказательную способность (площадь под кривой рабочей характеристики приемника Aroc>0,85). Заключение: PREDTAP можно интегрировать с системами прогнозирования для связывающих пептидов MHC класса I для улучшения производительности in silico прогнозирования эпитопов Т-клеток. PREDTAP доступен для публичного использования по адресу [1].