Анураг Ананд
Высокопроизводительные исследования секвенирования и новые программные инструменты революционизируют анализ микробных сообществ, однако разнообразие экспериментальных и вычислительных методов может быть пугающим. В этом обзоре мы обсуждаем некоторые из различных подходов к профилированию сообществ, подчеркивая сильные и слабые стороны различных экспериментальных подходов, методологий секвенирования и аналитических методов. Мы также рассматриваем один ключевой вопрос, возникающий в результате различных проектов по микробиому человека: существует ли существенное ядро обильных организмов или линий, которые мы все разделяем? Похоже, что в некоторых местах обитания человеческого тела, таких как рука и кишечник, разнообразие среди особей настолько велико, что мы можем исключить возможность того, что какой-либо вид имеет высокую численность у всех особей: возможно, вместо этого следует сосредоточиться на таксонах более высокого уровня или на функциональных генах.