Транскриптомика: открытый доступ
Открытый доступ

Абстрактный

Выбор пуромицина нарушает профили последовательности РНК первичных эритробластов человека

де Васконселлос

Лентивирусная трансдукция с последующим определением пуромицина является очень широко воспринятым методом для качественного
обмена и тестов артикуляции с использованием ассортимента типов клеток, включая человеческие гемопоэтические стволовые и
предковые клетки. Несмотря на его широкое применение, исследования относительно вероятного воздействия бактериальной пуромицин
N-ацетилтрансферазы (pac) качества артикуляции в сообществах клеток млекопитающих недостаточны. Здесь потенциал
определения пуромицина для влияния на профили транскриптома был проанализирован с использованием очень читаемой модели для
человеческого эритропоэза. Анализы были выполнены с использованием основных клеток CD34(+) от шести взрослых здоровых людей
-контрибьюторов, трансдуцированных двумя финансово доступными pac-кодирующими лентивирусными векторами и сравненных с нетрансдуцированными
контрольными клетками. Профили артикуляции качества РНК-Seq были созданы на проэритробластной фазе разделения
, на этом этапе дифференциальное качество артикуляции было исследовано с помощью DEseq2 в программировании R-Studio.
Между разнообразием благотворителей в профилях качественной артикуляции и разнообразием между популяциями, выбравшими пуромицин,
после трансдукции различных лентивирусных векторов были показаны огромные контрасты в уровнях идентификации РНК
менее 0,1%. Тем не менее, выбор пуромицина после трансдукции качества pac вызвал критические изменения в готовых
5% мРНК по сравнению с нетрансдуцированными контролями. Результаты предполагают, что следует подумать
о способности определения пуромицина сбивать с толку трансляцию профилей транскриптома RNA-Seq.