Журнал клинической и экспериментальной офтальмологии
Открытый доступ
ISSN: 2155-9570
ISSN: 2155-9570
Амина Мама Бубкер, Лотфи Лухиби, Мерием Абди, Фатима Зора Могтит, Насера Табет Аул, Рим Абдеррахман, Хадиджа Махмуди, Мерием Аберкан и Надира Саиди-Мехтар
Ретинобластома — это детская опухоль сетчатки, вызванная биаллельной инактивацией гена ретинобластомы ( RB1 ). Большая часть изменений уникальна и случайным образом распределена по всей кодирующей области. Целью данного исследования было, во-первых, выявление мутаций, которые могут влиять на ген RB1 на конституционном уровне, что способствует пониманию молекулярного патогенеза этого заболевания и раннему выявлению субъектов, находящихся в группе риска, и бессимптомных носителей. Выявление вариаций в ДНК 30 пациентов проводилось с помощью высокоэффективной жидкостной хроматографии (ВЭЖХ) с последующим секвенированием. Во-вторых, мы разработали протокол анализа in silico с использованием различного программного обеспечения на основе аналитических методов (Align GVGD, Mutation tasting, SIFT, PolyPhen, I-Mutant и KD4V) и структурных (Swiss-Pdb Viewer). Этот протокол использовался для прогнозирования пагубных эффектов мутаций на белок pRb. Спектр мутаций включал 2 миссенс-мутации, 1 нонсенс-мутацию, 1 делецию, 1 мутацию, затрагивающую сайт сплайсинга, и 2 полиморфизма. Среди этих мутаций некоторые были выявлены на зародышевом уровне у детей без семейного анамнеза заболевания. Таким образом, анализ in silico выявил только три причинные мутации, первая интронная мутация в сайте донора сплайсинга, вероятно, вызвала сдвиг рамки, что привело к образованию укороченного белка. Вторая миссенс-мутация c.1903 G˃C, как было предсказано, повлияет на процессы сплайсинга. Третья мутация c.1961T>A, расположенная в экзоне 20, может нарушить функцию и структуру белка.
В этом исследовании анализ in silico показал влияние мутаций на структуру и функцию белка. Интересно сравнить эти результаты с другими функциональными исследованиями, чтобы оценить функциональность мутаций.