Передовые методы в биологии и медицине
Открытый доступ

Абстрактный

Секвенирование РНК отдельных клеток линий стволовых клеток рака глиобластомы показывает, что хромосомная нестабильность приводит к нарушению организации внеклеточного матрикса

Рутви Ваджа

Согласно новой классификации рака центральной нервной системы (ЦНС) Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ) 2016 года, мультиформная глиобластома (ГБМ) является наиболее частой злокачественной опухолью ЦНС. ГБМ содержит широкий спектр генетических и эпигенетических изменений, что приводит к большому количеству подгрупп мутаций, некоторые из которых, как было показано, играют роль в независимой выживаемости пациентов и ответе на лечение. Несмотря на успехи в лечении ГБМ, пациенты, у которых диагностированы эти опухоли, часто имеют плохой прогноз и низкое качество жизни по мере прогрессирования заболевания. Обработанные данные высокопроизводительного секвенирования РНК отдельных клеток для стволовых клеток рака глиомы были взяты из GEO-NCBI и проанализированы для выявления основных различий экспрессии в одной нейрональной стволовой клетке глиомы (GSC) и нормальной нейрональной стволовой клетке (NSC). Мы провели биоинформатический анализ транскрипционного профиля 134 образцов, состоящих из 75 GSC и 59 NSC, полученных из биопроекта NCBI (PRJNA546254). Был проведен разведывательный анализ, который показал значительные паттерны вариации экспрессии генов между опухолью GBM и нормальной стволовой клеткой. Впоследствии дифференциальный анализ экспрессии генов Deseq2 идентифицировал 383 дифференциально экспрессируемых гена между GSC и NSC [значение padj <0,05, изменение log2 (>=+/-1,5)]. Это исследование выявляет такие гены, как LOX, LOX1, COL6A2, COL8A1, COL3A1, LUM, TGFB1, LAMA2, POSTN, MFAP5, MFAP2, FBN2, FLRT2 и HTRA1, как ключевые особенности, способствующие нарушению процессов организации внеклеточного матрикса и путей внеклеточной структурной организации в глиоме. В заключение следует отметить, что представленные здесь результаты открывают новое понимание прогрессирования ГБМ и выявляют новые гены, участвующие в глиомагенезе, которые можно было бы изучить более подробно для достижения терапевтических целей.