ISSN: 2471-9552
Ю-Бао Чен*, Бо Ли1, Вэнь-Сян Ху*, Ли-Да Сюй*, Хуэй-Сюэ Тан, Цзин Чжан, Цзинь-Дань Го
Введение: С развитием технологии секвенирования РНК-секвенирование становится все более популярным. Метод использования технологии РНК-секвенирования для анализа иммунного репертуара имеет преимущества в виде низкой потребности в образцах, простоты эксплуатации и всеобъемлющей информации.
Методы: данные РНК-секвенирования были загружены из SRA в NCBI, включая 79 пар образцов раковых и смежных нераковых тканей четырех репрезентативных типов рака, на основе литературы, программное обеспечение CutAdapt было принято для удаления адаптеров, баз штрихкодов и баз низкого качества. Пакет программного обеспечения MiXCR был использован для извлечения последовательностей рецепторов иммунного репертуара.
Результаты: Данные РНК-секвенирования из общедоступной базы данных были использованы для анализа и сравнения последовательностей TCR и BCR раковых и нормальных тканей в четырех типах рака, включая аденокарциному толстой кишки, аденокарциному легких, аденокарциному поджелудочной железы и аденокарциному желудка. Было обнаружено, что клональное разнообразие TCR среди различных типов рака различно, а разнообразие BCR между раковыми тканями и здоровыми тканями очевидно. На основе анализа неразделенных последовательностей CDR3 степень гетерогенности TRB составляет различные типы рака, разные люди с одним и тем же раком, раковые ткани и парараковые ткани одного и того же человека. Кроме того, корреляция между уровнями экспрессии пяти основных генов иммунных контрольных точек и количеством клонов TCR, отображаемых различными среди различных типов рака.
Заключение: В результате анализа иммунных репертуаров в раковых тканях и соседних нераковых тканях COAD, LUAD, PAAD и STAD не было обнаружено существенных различий в количестве TCR и энтропиях Шеннона в пределах одного типа рака. Но существуют существенные различия в количестве TCR и энтропиях Шеннона среди различных типов рака. Результаты подтверждают преимущество анализа РНК-секвенирования в получении индивидуального иммунного репертуара.