Журнал противовирусных и антиретровирусных препаратов
Открытый доступ
ISSN: 1948-5964
ISSN: 1948-5964
Арпита Банерджи и Сара С. Чериан
Рабдовирусы включают вирус везикулярного стоматита (VSV) и известные человеческие патогены, такие как вирус бешенства и вирус Чандипура. Моделирование целевых рецепторов и идентификация мест связывания являются важным шагом в разработке новых терапевтических средств. Лиганды, которые селективно связываются с белками пути слияния мембран, могут задерживать или блокировать проникновение вируса. В этом исследовании поверхностный гликопротеин G VSV был выбран в качестве потенциальной противовирусной мишени. Дансилкадаверин, римантадин и амантадин являются известными ингибиторами, которые, как было показано, предотвращают интернализацию VSV, хотя молекулярный механизм их ингибирования не совсем понятен. Потенциал этих лигандов как ингибиторов слияния был изучен путем проведения исследований по идентификации мест связывания in-silico и стыковки. Карман связывания лиганда был предсказан в интерфейсе тримера G. При стыковке дансилкадаверин создал энергетически выгодные контакты с остатками, необходимыми для структурного перехода белка в активную форму слияния, в то время как римантадин и амантадин не смогли стыковаться с карманом связывания. Наши результаты показывают, что дансилкадаверин может предотвратить проникновение вируса, стабилизируя белок G в предслиятельной конформации. Результаты этого исследования могут быть распространены на разработку противовирусных препаратов против других вирусов того же семейства.