Иммунные исследования
Открытый доступ

Абстрактный

Транскрипционные профили TCReng CD8+ и CD4+ Т-клеток человека, специфичных к эпитопу Mart-1(27-35), при встрече с эпитопом, как выяснено с помощью РНК-секвенирования

Прашант Сингх, Нитья Дж. Чакраборти, Сидхарт С. Джа, Умар Фарук, Мэй Сяо, Венета Кендро, Арвинд Чабра, Ричард Эверсон, Дэвид И Дорски, Упендра П. Хегде и Биджай Мукерджи

Адоптивная клеточная терапия (ACT) с in vitro расширенными популяциями Т-клеток, сконструированных для экспрессии опухолевых эпитопных рецепторов Т-клеток (TCR), в настоящее время проходит клинические испытания для различных злокачественных новообразований. В этом контексте ACT с меланомным эпитопом, Mart-1(27-35), специфическими TCR-инженерными Т-клетками показала обнадеживающие результаты при метастатической меланоме. Однако ряд биологических процессов, регулирующих функции Т-клеток, оказались препятствиями в этой форме терапии рака. Таким образом, предпринимаются усилия по получению более полного понимания биологии (функциональности и ограничений) TCR-инженерных (TCReng) Т-клеток, чтобы извлечь более надежные терапевтические эффекты из ACT. Однако традиционные анализы на основе Т-клеток несколько неадекватны для этой цели. Используя анализы Next Generation RNASeq (NGS) и qRT-PCR, мы изучили транскриптом эпитопа меланомы, Mart-1(27-35), специфичных TCReng человеческих Т-клеток. Мы обнаружили, что транскрипционные профили Mart-1(27-35), специфичных TCReng Т-клеток (как CD8+, так и CD4+) удивительно похожи при воздействии родственного пептида. Гены, ответственные за активацию Т-клеток, апоптоз, клеточную пролиферацию, цитолитический ответ и дифференциацию Т-клеток, показали схожие паттерны экспрессии. Кроме того, наш анализ также выявил ряд альтернативных вариантов сплайсинга и новых изоформ, связанных с иммунным ответом, ранее не связанным с активацией Т-клеток, а также экспрессию ряда недавно открытых длинных некодирующих РНК (lncRNA).