Журнал клинических испытаний
Открытый доступ

Абстрактный

Валидация референтных генов для анализа экспрессии генов в развитии плодов Vaccinium bracteatum Thunb с использованием количественной ПЦР в реальном времени

Фэн Хэ*, Лянсянь Гуй, Янь Чжан, Бо Чжу, Сяопин Чжан, Минь Шэнь, Фэнин Ван, Лу Ян, Цзясинь Сяо*

Предыстория: Vaccinium bracteatum Thunb. (VBT) широко распространен в горных районах восточного и южного Китая. Листья VBT имеют большую медицинскую ценность и могут использоваться для окрашивания риса для производства «Wumifan». Его плоды также содержат богатые питательные вещества. Однако изучению молекулярного состава VBT уделялось недостаточно внимания. Ранее мы провели РНК-секвенирование трех типичных плодов VBT, которые находились на разных стадиях созревания, хотя надежный референсный ген был утерян при проверке.

Результаты: В этом исследовании мы выбрали десять референтных генов-кандидатов на основе предыдущих исследований и транскриптомных анализов. Впоследствии эти гены были оценены с использованием комбинации методов, включая geNorm, NormFinder и Bestkeeper, с комплексной оценкой ранга. В результате мы обнаружили, что гены actin2, NADH и ADK имеют высокую надежность для анализа уровней экспрессии генов, участвующих в развитии плодов. Кроме того, уровни транскриптов 15 DEG из транскриптомного анализа были оценены с использованием NADH в качестве референтного гена, и данные ОТ-кПЦР были в высокой степени согласованы с транскриптомными данными.

Выводы: Эти результаты предоставляют надежный референтный ген для дальнейшего изучения экспрессии генов, что будет полезно для всестороннего изучения VBT.