Журнал гликомики и липидомики
Открытый доступ

Абстрактный

Текущие и будущие инструменты анализа для NCI-60 в CellMiner: Ресурсы для интеграции данных и системной фармакологии

Уильям С. Рейнхольд

Веб-приложение CellMiner; набор инструментов, обеспечивающий быстрый доступ к нескольким формам молекулярных и фармакологических данных, доступных для NCI-60. Эти инструменты также помогают в интеграции этих высокопроизводительных данных способом, выполнимым небиоинформатиком. Инструменты интеграции доступны в разделе «Инструменты анализа NCI-60». Они включают инструмент «Сигнатура клеточной линии», который обеспечивает i) уровни транскриптов, ii) активность соединений и iii) уровни микроРНК для NCI-60. Будет продемонстрирован доступ к данным секвенирования экзома, включая использование «Графического вывода для секвенирования ДНК:экзом». Отдельные формы данных, в свою очередь, могут быть интегрированы с помощью инструмента «Кросс-корреляция» для до 150 генов (уровни транскриптов), уровней микроРНК и активности лекарств. Данные также могут быть интегрированы с помощью «Сравнения образцов», которое позволяет вводить любой образец (для NCI-60), и из этого образца коррелирует все уровни транскриптов генов и микроРНК, а также активность соединений. Также продемонстрировано несколько инструментов в разработке. Первый из них — «число копий aCGH» для определения вариаций числа копий ДНК. Второй — «суммирование генетических вариантов», которое обеспечивает суммирование мутаций в пути для до 150 генов. Третий — «визуализация генетических вариантов в сравнении с лекарственными средствами», которая обеспечивает быструю визуализацию взаимосвязей вариантов генов и лекарственных средств. Каждый из этих инструментов позволяет пользователю искать потенциальные взаимосвязи способом, специфичным для его области знаний и интересов. Опыт в области компьютерных наук или биоинформатики не требуется. Данные доступны научной общественности бесплатно.