Транскриптомика: открытый доступ
Открытый доступ
ISSN: 2329-8936
ISSN: 2329-8936
Ашоктару
Снежная форель (Schizothorax richardsonii) является эндемиком высокогорного региона Гималаев и хорошо себя чувствует в широком температурном режиме (0-27 °C). Вид может быть использован в качестве модельного вида для изучения реакции на абиотический и биотический стресс холодноводных видов рыб. В настоящем исследовании мы сравнили транскриптомы печени Aeromonas hydrophilla, подвергнутой (Ah+) и ложно подвергнутой (Ar-) заражению. База данных транскриптомов для этого вида была разработана с использованием каскада иммунологически связанных дифференциально экспрессируемых генов с использованием секвенирования РНК (2×100 п.н. парных концов), проведенного на платформе секвенирования Illumina 2000. Среди 50 453 уникальных генов, полученных в результате сборки de novo, были аннотированы 24 464 уникальных гена, среди которых 82 уникальных гена были связаны с генами иммунного ответа. В группе Ah+ по сравнению с группой Ah было 265 дифференциально экспрессируемых уникальных генов (189 с повышенной регуляцией и 75 с пониженной регуляцией). Большинство генов, участвующих в иммунной регуляции во время бактериального патогенеза, связаны с внеклеточной областью, целостностью мембраны, связыванием ионов, трансдукцией сигнала, обработкой и презентацией антигена, комплексом белков MHC класса I и т. д. В частности, 15 уникальных генов, связанных с иммунным ответом, и 9 уникальных генов, связанных с терминами онтологии генов трансдукции сигнала, были значительно нарушены в группе, зараженной бактериями. Было обнаружено, что четыре иммунных гена: интерлейкин 1β1, простагландин-эндопероксидсинтаза 2a и 2b и домен повтора анкирина, очень активны против A. hydrophilla. Настоящее исследование дает предварительное представление о возможных изменениях на молекулярном уровне этой потенциальной модельной рыбы во время патогенного заражения.