Журнал гликомики и липидомики
Открытый доступ

Абстрактный

Разнообразие, распространенность и распределение ферментов пути O-гликозилирования у прокариот — сравнительное геномное исследование

Манджит Кумар и Пити В. Баладжия

У прокариот пути N- и O-гликозилирования белка (GlyPW) были экспериментально охарактеризованы в некоторых организмах. Выявление GlyPW у других прокариот имеет важное значение для понимания роли гликозилирования. В данной работе мы сообщаем о сравнительном геномном подходе на основе BLASTp и профиля скрытой модели Маркова (HMM) для идентификации предполагаемых ферментов O-гликозилирования в полностью секвенированных прокариотических геномах с использованием экспериментально охарактеризованных ферментов O-GlyPW в качестве последовательностей запроса. Гомологи для ферментов всех пяти категорий, а именно, инициации, модификации, расширения, флиппазы и олигосахарилтрансферазы, обнаружены у 128 организмов, и ни одного гомолога не обнаружено ни для одного из них у 52 организмов. Большое количество организмов имеют гомологов для всех категорий, за исключением олигосахарилтрансфераз, которые демонстрируют высокое разнообразие последовательностей. Таким образом, гомологи фермента O-GlyPW широко распространены. Большинство из 128 организмов являются протеобактериями, и более половины являются патогенными. Характер распределения гомологов указывает на видо- и штаммоспецифические вариации и приобретение гомологов путем горизонтального переноса генов.