Иммунные исследования
Открытый доступ

Абстрактный

Полногеномная идентификация и анализ предполагаемых усилителей ромбовидных генов у нескольких видов дрозофилы

Ану Бансал и Атул Кумар Упадхьяй

Энхансеры — это последовательности ДНК, содержащие несколько сайтов связывания факторов транскрипции, которые могут присутствовать выше, ниже или внутри гена. Они предназначены для усиления экспрессии целевых генов. Основными характеристиками энхансеров являются: кластеры сайтов связывания факторов транскрипции, эволюционно консервативная некодирующая последовательность ДНК и биохимические метки, такие как модификация гистонов и структура хроматина. Мы использовали общегеномный подход для идентификации последовательности предполагаемого энхансера ромбовидного гена у одиннадцати различных видов Drosophila , а именно: melanoagaster , yakuba , ananassae , erecta , grimshawi , mojavensis , persimilis , pseudoobscura , sechellia , virilise и willistoni, используя геномный браузер ClusterDraw. Анализ формирования кластера дорсальных, скручивающих и улиточных мотивов ромбовидного гена показал наличие от 1 до 15 сайтов связывания среди видов. Среди одиннадцати видов, использованных в этом исследовании для прогнозирования энхансерного элемента, четыре имеют энхансерный элемент выше по течению, а пять — ниже по течению, тогда как два вида имеют энхансерный элемент по обе стороны от ромбовидного гена.