Транскриптомика: открытый доступ
Открытый доступ

Абстрактный

Глобальный анализ транскриптома и идентификация дифференциально экспрессируемых генов после заражения Fragaria vesca мучнистой росой (Podosphaera aphanis)

Шридхар Джамбаги, Джим М. Данвелл

Предыстория: Podosphaera aphanis, возбудитель мучнистой росы земляники, наносит значительный экономический ущерб во всем мире.

Методы: Мы использовали диплоидный вид земляники Fragaria vesca в качестве модели для изучения взаимодействия патогенов растений. РНК-секвенирование использовалось для создания набора данных транскриптома из двух образцов, F. vesca ssp. vesca Hawaii 4 (HW) и F. vesca f. semperflorens Yellow Wonder 5AF7 (YW) на 1 день (1 DAI) и 8 дней (8 DAI) после заражения.

Результаты: Из общего числа идентифицированных прочтений около 999 миллионов (92%) были сопоставлены с геномом F. vesca. Эти транскрипты были получены из 23 470 и 23 464 генов в HW и YW, соответственно, из трех временных точек (контроль, 1 и 8 DAI). Анализ выявил 1 567, 1 846 и 1 145 генов с повышенной регуляцией между контролем и 1 DAI, контролем и 8 DAI и 1 и 8 DAI, соответственно, в HW. Аналогично, 1 336, 1 619 и 968 генов были повышены в YW. Также 646, 1 098 и 624 гена с пониженной регуляцией были идентифицированы в HW, в то время как 571, 754 и 627 генов были понижены в YW между всеми тремя временными точками, соответственно.

Заключение: Исследование дифференциально экспрессируемых генов (log2-кратные изменения ?5) между контролем и 1 DAI как в HW, так и в YW выявило большое количество генов, связанных с вторичным метаболизмом, сигнальной трансдукцией; транскрипционная регуляция и устойчивость к болезням были высоко экспрессированы. К ним относятся флавоноид 3´-монооксигеназа-монооксигеназа, пероксидаза 15, глюкан эндо-1,3-?-глюкозидаза 2, рецептороподобные киназы, факторы транскрипции, герминоподобные белки, белки F-box, белки NB-ARC и NBS-LRR. Это первое применение РНК-секвенирования к любому взаимодействию патогенов в клубнике.