Журнал клинической и клеточной иммунологии
Открытый доступ

Абстрактный

Иммуноинформатика - пептидная вакцина и моделирование in silico для гликопротеина G вируса бешенства Дювенхаге

Сахар Оби Абд Альбаги, Омар Хашим Ахмед, Манал Абдалла Гумаа, Хубиб Али Абд Эльрахман, Ахмед Хамди Абу-Хараз и Мохаммед А. Хасан

Предыстория: вирус бешенства Duvenahge принадлежит к роду Lyssavirus семейства Rhabdoviridae, вызывая смертельную инфекцию, при этом не существует эффективного лечения и нет лицензированной ДНК или пептидной вакцины на сегодняшний день. Целью настоящего исследования было предсказать пептидную вакцину для вируса бешенства Duvenahge.
Методы и материалы: последовательности вируса Duvenahge были выбраны из NCBI, а затем они были подвергнуты множеству тестов на В- и Т-клетках из IEDB для выявления наиболее перспективных пептидов, которые могли бы действовать как вакцина на основе управляемого пептида. Анализ покрытия популяции был выполнен для выбранных пептидов с использованием IEDB, и, наконец, были проведены моделирование гомологии и исследования молекулярной стыковки для визуализации взаимодействия с молекулами MHC1.
Результат и заключение: Среди протестированных пептидов для теста Т-клеток это исследование спроецировало интересный эпитоп Т-клетки (YFLIGVSAV), который демонстрирует всепоглощающую аффинность связывания как сильный индикатор для аллелей MHC-One и MHC-two вместе, помимо связывания с восемнадцатью аллелями через охват популяции 99,36% в мире. Эти результаты были дополнительно подтверждены исследованиями молекулярной стыковки, которые показывают превосходное взаимодействие с молекулой гомоспин MHC с самой низкой энергией связывания среди протестированных пептидов.
Было обнаружено, что только три эпитопа В-клеток (AHYK, YTIPDKL и SLHNPYPDSH) перекрывают все проведенные тесты В-клеток, будучи линейными, на поверхности гликопротеина G и являясь антигенными.