Ферментная инженерия
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Абстрактный

通过分子对接、动力学模拟和基于配体的假设方法进行计算机筛选以鉴定新型 Aurora 激酶抑制剂

Sidra Batool、Saba Ferdous、Mohammad A. Kamal、Hira Iftikhar 和 Sajid Rashid*

Aurora 激酶家族成员参与多种细胞周期事件，包括着丝粒分离、胞质分裂、着丝粒形成、纺锤体组装、染色体分离和微管动力学。通常，Aurora 蛋白的功能障碍与非整倍体、细胞死亡和有丝分裂停滞有关，从而导致肿瘤发生。这引起了人们对鉴定具有药理活性的 Aurora 蛋白小分子抑制剂的浓厚兴趣。在本研究中，我们通过虚拟筛选和对接分析分离了四种新型抑制剂。随后通过分子动力学模拟对这些抑制剂进行了表征，以监测它们在 ATP 结合位点的结合稳定性。为了帮助表征新型且更有效的 Aurora 激酶抑制剂，我们通过基于配体的药效团建模方法探索了配体数据集的选择性特征。然后使用最佳药效团模型对从普林斯顿和 Uorsy 数据库中分离的库进行虚拟筛选。根据常见药效团特征、利宾斯基五规则、吸收、分布、代谢和消除特性，筛选出候选化合物并通过分子对接进行精炼。最后，根据结合能力、共识评分和活性值对选定的化合物进行验证。我们认为，本研究中描述的新型抑制剂可能值得在设计临床研究的活性先导物时进行表征，这些抑制剂将来可能作为抗癌药物。