Транскриптомика: открытый доступ
Открытый доступ
ISSN: 2329-8936
ISSN: 2329-8936
Казуэ Л. Исихара, Майкл Д. Х. Хонда, Дунг Т. Фам, Дулал Бортакур
Leucaena leucocephala (leucaena) — быстрорастущее дерево бобовых, обладающее высокой устойчивостью к различным абиотическим и биотическим стрессам. Благодаря своей способности выдерживать высокие температуры и длительную засуху, а также расти как растение, свободное от болезней, оно является интересным модельным растением для изучения генетики устойчивости к стрессу. Высокий уровень устойчивости к стрессу может быть связан с более высокой экспрессией определенных генов в корне, который является основным местом поглощения питательных веществ и воды, а также заражения патогенами, передающимися через почву. Целью данного исследования было охарактеризовать транскриптом leucaena и выявить специфичные для корня гены, которые могут быть вовлечены в устойчивость к засухе и устойчивость к болезням. Транскриптомы leucaena были проанализированы с помощью секвенирования на основе Illumina и сборки de novo, в результате чего было получено 62 299 и 61 591 уникальных генов (≥ 500 п.н.) из корня и побега соответственно. С помощью анализа микрочипов 4 x 180 000 была сравнена экспрессия 10 435 уникальных генов между корнем и побегом. Последовательности с повышенной регуляцией в корне были в основном представлены уникальными генами, которые были связаны с вторичным метаболизмом, в то время как в побеге последовательности с повышенной регуляцией были в основном представлены уникальными генами, которые были вовлечены в метаболизм углеводов и липидов. Уникальные гены, разделяющие гомологию с генами биосинтеза терпеноидов и геном никотианаминсинтазы, были повышены более чем в 100 раз в корне, что указывает на то, что эти гены могут играть важную роль в высокой стрессоустойчивости лейцены. Каталогизация активно транскрибируемых последовательностей в корне и побеге приведет к идентификации генов устойчивости к засухе и болезням у лейцены.