Транскриптомика: открытый доступ
Открытый доступ
ISSN: 2329-8936
ISSN: 2329-8936
Ахилону К. Конрад и Малека Ф. Матабата
Халконсинтаза (CHS) и антоцианидинсинтаза (ANS) являются одними из ключевых ферментов, ответственных за выработку антоцианов в растениях. Они, как правило, кодируются многогенными семействами, некоторые члены которых вносят вклад в пигментацию цвета. В исследовании изучались гены CHS и ANS в Clivia miniata; ткани цветков которой претерпевают изменения цвета. РНК в кДНК была выделена из тканей цветков, и три уникальных гена (CmiCHS 11996, CmiCHS 43839 и CmiANS) с короткими последовательностями были первоначально получены с использованием метода секвенирования следующего поколения. Ген-специфические праймеры были разработаны из неопубликованных начальных коротких последовательностей CHS и ANS. Длина амплифицированной кДНК после ПЦР составила CmiCHS 11996 (933 п.н.), CmiCHS 43839 (951 п.н.) и CmiANS (983 п.н.). Старт транслируемой рамки ORF, соответствующей предсказанному белку из 390 аминокислот, выведенных из белка (AEN04070) для генов CHS, и предсказанных 355 аминокислот в отношении гена ANS (AGD99672). Анализ in silico показал, что рассчитанная молекулярная масса и теоретическая изоэлектрическая точка (pI) CmiCHS 11996 и CmiCHS43839 составили 31,0 кДа - 6,95 и 34,6 кДа - 7,54 соответственно. Важные мотивы сайта связывания продукта и активного сайта были успешно идентифицированы из выведенных аминокислотных последовательностей. Множественное выравнивание последовательностей показало, что последовательности CmiCHS и CmiANS были высококонсервативными и разделяли высокую идентичность последовательностей (>83%) с халконсинтазами из других растений. Однако был проведен другой анализ для определения профилей экспрессии этих генов в различных тканях, а также в листочках околоцветника (оранжевый и желтый цветок) с использованием количественной ПЦР в реальном времени. Уровни экспрессии CmiCHS и CmiANS были выше в листочках околоцветника по сравнению с другими тканями (листья, столбик, рыльце и черешок). Эти паттерны экспрессии генов в тканях соответствовали накоплению антоциана, что позволяет предположить, что пигменты оранжевого и желтого цвета, безусловно, связаны с регуляцией халконсинтазы и антоциансинтазы.