Журнал садоводства
Открытый доступ

Абстрактный

Секвенирование транскриптома de novo обработанного холодом мятлика лугового (Poa pratensis) и анализ генов, участвующих в устойчивости к холоду

Чжан Л., Жэнь Дж., Ли Т., Ван А. и Тан Д.

Мятлик луговой ( Poa pratensis ) обладает высокой устойчивостью к холодовому стрессу. Хотя молекулярный механизм реакции растений на холодовый стресс был широко описан на модельных растениях, мало что известно о холодоустойчивости мятлика лугового на геномном уровне. Здесь мы сравнили транскриптомы мятлика лугового при холодной обработке (-5°C) и контрольной обработке (при 20°C) с помощью РНК-секвенирования и сборки de novo. Всего было получено 75 934 уникальных гена, среди которых 53 762 были успешно аннотированы в общедоступных базах данных. При сравнении транскриптомов контрольных и обработанных холодом растений было идентифицировано 3 896 уникальных генов как дифференциально экспрессируемых. Среди этих генов 2 410 были подавлены и 1 486 были повышены в обработанных холодом растениях. Были идентифицированы несколько ранее описанных холодовых белков, антиоксидантных ферментов и белков осморегуляции, и оценены уровни их экспрессии. Более того, десять дифференциально экспрессируемых генов были выбраны для проверки методом ОТ-ПЦР. Их паттерны экспрессии соответствовали результатам РНК-секвенирования. Кроме того, семейства факторов транскрипции, т. е. факторы ответа на этилен, факторы транскрипции теплового стресса, белки NAC, белки, содержащие домен WRKY, и факторы ответа на ауксин, были идентифицированы как дифференциально экспрессируемые гены. Идентификация этих вовлеченных генов облегчит исследования транскрипционной регуляции толерантности к холоду у растений.