Журнал теоретических и вычислительных наук
Открытый доступ

Абстрактный

Анализ данных выраженности ХБП на основе компьютерного моделирования в корреляции с сахарным диабетом раскрывает ген-биомаркер

Мохд. Муршад Ахмед, Сафия Тазиин, Афтаб Алам, Анам Фаруки, Шахнаваз Али, доктор Зуббаир Малик и Романа Ишрат

Хроническая болезнь почек (ХБП) становится обширной проблемой общественного здравоохранения во всем мире. Текущая тревога по поводу болезни может быть связана с изменением базовой патогенности. Целью нашего исследования было предоставить подробный анализ данных экспрессии генов микрочипов ХБП в корреляции с диабетом и идентификацией генов-биомаркеров. Здесь массивы экспрессии Affymetrix использовались для идентификации дифференциально экспрессируемых генов в 22 и 69 образцах ХБП и диабета соответственно. В нем далее описываются некоторые из основных биологических изменений, наблюдаемых в состоянии ХБП, и описываются конкретные процедуры проведения оценки качества чипа Affymetrix Gene с использованием наборов данных GEO (GSE70528, GSE11045), а также иллюстрируются пакеты контроля качества для пояснения визуализации для подробного анализа. Мы идентифицировали 912 дифференциально экспрессируемых генов при ХБП и 629 при диабете. В результате обширного сравнения ХБП с диабетом мы обнаружили 80 общих генов, из которых 29 были обнаружены с повышенной регуляцией и 51 с пониженной. Далее, анализ с NCG этих 80 генов, 10 общих генов были обнаружены вовлеченными в различные типы рака. Таким образом, результаты подчеркивают важность этих 10 общих дифференциально экспрессируемых генов при рассмотрении их в качестве биомаркеров трех состояний: диабета, ХБП и рака. Наши исследования каталогизировали дифференциально экспрессируемые гены, которые могут играть важную роль в патогенезе ХБП и могут служить биомаркерами.