Разработка лекарств: открытый доступ
Открытый доступ

Абстрактный

Прогнозирование рибосвитча in silico и разработка его ингибитора для Salmonella enterica

Медха Панди и Камаль Радж Пардасани

Salmonella enterica — патогенная бактерия, вызывающая брюшной тиф и ряд желудочно-кишечных инфекций. Антибиотики используются для лечения брюшного тифа и других инфекций, вызываемых S. enterica. Антибиотики в основном воздействуют на гомологичные белки, и эти виды бактерий подвергаются мутациям и вырабатывают устойчивость к определенным антибиотикам. Кроме того, антибиотики имеют несколько побочных эффектов. Таким образом, необходимо исследовать новые лекарственные мишени для решения проблем и побочных эффектов антибиотиков. В этой статье была предпринята попытка исследовать рибосвитч как потенциальную лекарственную мишень для S. enterica. Рибосвитчи находятся в 5' UTR, где мутации очень редки. Также сообщалось, что мутации в рибосвитче могут быть вредны для самого организма. Был предложен и использован подход in silico для прогнозирования рибосвитчей для S. enterica и разработки его ингибитора. Семь рибосвитчей были предсказаны с помощью RibEx, один из которых был взят в этом исследовании, а структура была предсказана с помощью iFoldRNA. Была проведена слепая и целенаправленная стыковка для идентификации аланина как лиганда. Затем был проведен виртуальный скрининг на основе исследования профиля ADMET и правила пяти Липински против библиотеки молекул, подобных препаратам, и двенадцать ведущих молекул были идентифицированы как ингибиторы. Эти ингибиторы имеют очень мало побочных эффектов. Следовательно, можно сделать вывод, что рибосвитч может использоваться в качестве альтернативной лекарственной мишени для лечения инфекционных проблем, вызванных S. enterica, и решать проблемы резистентности и побочных эффектов препаратов.