Разработка лекарств: открытый доступ
Открытый доступ

Абстрактный

Анализ взаимодействия, динамики и стабильности некоторых связующих веществ малых бороздок с B-ДНК додекамером 5' (CGCAAATTTGCG)-3'

Анвеш Панди, Анураг Упадхьяя, Суреш Кумар, Анил Кумар Ядав

Дезоксирибонуклеиновая кислота (ДНК) является известной клеточной мишенью для многих антибактериальных и противораковых агентов из-за ее тенденций к экспрессии генов. Взаимодействие лекарств с нуклеиновой кислотой является одной из важных особенностей в фармакологии и играет значительную роль в понимании механизма действия лекарств и в разработке более эффективных лекарств с минимальными побочными эффектами. Фураны известны давно и часто утверждают, что обладают различными лечебными и терапевтическими тенденциями. В текущей исследовательской работе два класса молекул, а именно 2,4-бис(4-амидинофенил)фураны и обратные диамидино 2,5-диарилфураны, были компьютерно изучены на предмет их относительной прочности связывания и тенденций к образованию стабильных комплексов с ДНК (PDB Id: 4AH0). Молекулярная стыковка была выполнена для прогнозирования связывающего кармана лекарства вблизи ДНК, а молекулярная динамика была выполнена для изучения динамики взаимодействия в поддержку предсказанного режима связывания. Стыковка показала, что сайт связывания был AT-богатым регионом, как предпочитаемым связывателями малой бороздки. Анализ RMSD и RMSF был выполнен на основе данных, полученных из исследований MD; первое исследование показало, что лиганды остаются связанными с предпочтительными позициями связывания ДНК без каких-либо значительных отклонений в ее малой бороздке; однако последнее выявило топологическую структуру ДНК, остающуюся нетронутой в течение всего хода моделирования, что позволяет сделать вывод о стабильности комплексов лекарство-ДНК. Это исследование описывает свойства и динамику ДНК при взаимодействии с производными фурана, принимая во внимание деформацию при связывании, которая может играть значительную роль в открытии нового связывателя малой бороздки как регулятора экспрессии генов. В этом исследовании мы также выполнили анализ естественных орбиталей связей (NBO) с использованием программного пакета Gaussian 09 для расчета внутри- и межмолекулярных орбитальных связей и взаимодействия в оптимизированной электронной химической структуре, в частности, переноса заряда и энергии стабилизации.