Транскриптомика: открытый доступ
Открытый доступ

Абстрактный

Выбор пуромицина искажает профили РНК-секвенирования первичных эритробластов человека

Го Р.Л., Ли Ю.Т., Бернс К. и Миллер Дж.Л.*

Лентивирусная трансдукция с последующим отбором пуромицина является общепризнанной процедурой для экспериментов по переносу и экспрессии генов с использованием различных типов клеток, включая человеческие гемопоэтические стволовые и прогениторные клетки. Несмотря на широкое применение, исследования, касающиеся потенциальных эффектов экспрессии гена бактериальной пуромицин N-ацетилтрансферазы (pac) в культурах клеток млекопитающих, не завершены. Здесь потенциальный эффект отбора пуромицина на профили транскриптома был изучен с использованием хорошо изученной модели человеческого эритропоэза. Эксперименты проводились с использованием первичных клеток CD34(+) от шести взрослых здоровых доноров-людей, трансдуцированных двумя коммерчески доступными pac-кодирующими лентивирусными векторами, и сравнивались с нетрансдуцированными контрольными клетками. Профили экспрессии генов RNA-Seq были получены на стадии дифференциации проэритробластов, затем дифференциальная экспрессия генов была проанализирована с помощью DEseq2 в программном обеспечении R-Studio. Междонорная вариация в профилях экспрессии генов и вариации между популяциями, отобранными с использованием пуромицина после трансдукции отдельных лентивирусных векторов, проявились в значительных различиях в уровнях обнаружения РНК менее 0,1%. Однако отбор пуромицина после трансдукции гена pac вызвал значительные изменения в более чем 5% мРНК по сравнению с нетрансдуцированными контролями. Результаты показывают, что следует рассмотреть возможность отбора пуромицина в искажении интерпретации профилей транскриптома RNA-Seq.