ISSN: 2471-9315
Фатах Тазерарт, Джамаль Саад, Мюриэль Милителло, Софи Александра Барон, Мишель Дранкур*, Сильвен Годрей*
Образец бронхоальвеолярного лаважа был собран с помощью бронхоскопии у 25-летнего мужчины из Камбоджи с подозрением на клинический туберкулез и инокулирован в среду Левенштейна-Йенсена. Были исследованы колонии быстрорастущих, нехромогенных грамположительных и кислотоустойчивых бактерий. Сканирующая электронная микроскопия показала бациллы длиной 1,2 ± 0,29 мкм и размером 0,58 ± 0,07 мкм, которые не удалось идентифицировать с помощью рутинной матрично-ассистированной лазерной десорбционной ионизации-времяпролетной масс-спектрометрии и фенотипических тестов (анализы API ® ZYM, API ® Coryne и Biolog ® Phenotype MicroArray). In vitro изолят был восприимчив к изониазиду, амикацину и триметоприму-сульфаметоксазолу. Полногеномное секвенирование дало проект генома размером 5 703 981 п.н., который содержал 69,3% GC-содержания с 5 207 генами кодирующих белков и 56 предсказанными генами РНК, включая 3 рРНК. Последовательность rpoB показала 93% сходства последовательности с последовательностью Mycobacterium parascrofulaceum в комплексе Mycobacterium simiae. Геномная последовательность ДНК-ДНК гибридизация, OrthoANI и пангеномный анализ подтвердили, что этот изолят представляет собой неописанный вид в комплексе M. simiae. Этот вид был назван Mycobacterium cambodiensis по источнику его выделения. Изолят был депонирован в Collection de Souches de l'Unité des Rickettsies (CSUR) под номером CSURP9652.