Иммунные исследования
Открытый доступ

Абстрактный

Идентификация in silico генов цитокинов опоссума свидетельствует о том, что сложность иммунной системы сумчатых может соперничать с таковой у плацентарных млекопитающих

Эмили SW Вонг, Лорен Дж. Янг, Энтони Т. Папенфусс и Кэтрин Белов

Предыстория: Цитокины — это небольшие белки, которые регулируют иммунитет у позвоночных. Сумчатые и плацентарные млекопитающие в последний раз имели общего предка более 180 миллионов лет назад, поэтому неудивительно, что попытки выделить многие ключевые цитокины сумчатых с помощью традиционных лабораторных методов оказались безуспешными. Эта скудность молекулярных данных привела некоторых авторов к предположению, что иммунная система сумчатых «примитивна» и не соответствует сложной иммунной системе плацентарных млекопитающих. Результаты: Секвенирование первого генома сумчатых позволило нам идентифицировать сильно различающиеся иммунные гены. Мы использовали методы предсказания генов, включающие определение местоположения генов с использованием BLAST, SYNTENY + BLAST и HMMER, для идентификации 23 ключевых иммунных генов сумчатых, включая IFN-γ, IL-2, IL-4, IL-6, IL-12 и IL-13, в геноме серого короткохвостого опоссума (Monodelphis domestica). Многие из этих генов не были предсказаны в общедоступных автоматизированных аннотациях. Заключение: сила этого подхода была продемонстрирована путем идентификации ортологичных цитокинов у сумчатых и плацентарных, которые имеют только 30% идентичности на уровне аминокислот. Более того, наличие ключевых иммунологических генов предполагает, что сумчатые действительно обладают сложной иммунной системой, функция которой может быть параллельна функции плацентарных млекопитающих.