Ферментная инженерия
Открытый доступ

Абстрактный

Способность к очистке белков Bacillus halodurans

Шаомин Янь и Гуан У

Спрос на белки специального назначения значительно возрастает. Эти белки обычно получают с помощью рекомбинантных белков, однако их очистка является дорогостоящей и непростой. Обязательно важно разработать метод оценки вероятности очистки заранее, чтобы иметь перспективу относительно рассматриваемых белков. Очистка белка должна быть связана с инстинктивными свойствами белка, включая его трехмерную структуру, и на данный момент обнаружено около 540 свойств аминокислот. Таким образом, можно проверить каждое свойство аминокислоты на успешной скорости очистки белка, чтобы выяснить, какое свойство больше подходит для оценки склонности к очистке. В этом исследовании каждое из 535 свойств было проверено на 438 очищенных и 429 невозможных очищенных белках из Bacillus halodurans с использованием логистической регрессии и модели нейронной сети. Анализ ROC был применен к полученным чувствительности и специфичности. Результаты показывают, что свойства аминокислотного состава, как правило, были менее полезны для оценки склонности к очистке, тогда как физико-химические свойства аминокислот, вторичные структуры и динамические свойства были более полезными, а динамические свойства были более многообещающими. Таким образом, несколько типов свойств белков могут служить для определения способности белков к очистке и иметь потенциал для снижения стоимости и ускорения производства в микробиологических и биотехнических областях.